Cuối tháng 3 năm 1961, Bộ trưởng Nội vụ Rab Butler tuyên bố thành lập ủy ban điều tra dưới quyền của cựu Chánh án Phúc thẩm Ngài Charles Romer. Cuộc điều tra "[nhằm] xem xét các tình huống liên quan đến phiên tòa xét xử gián điệp gần đây tại Tòa án Hình sự Trung ương và đặc biệt trong đó hai cá nhân được tuyển dụng và làm việc tại những cơ quan hải quân, với quan điểm xác định đã xảy ra vi phạm gì về các thiết lập bảo mật, nếu có".[91]

Theo các nhà báo David Wise và Thomas B. Ross, việc thành lập ủy ban "dường như chấm dứt nỗi hoang mang về bảo mật".[92] Tuy nhiên, một tháng sau khi Romer tiến hành điều tra, sĩ quan MI6 George Blake bị bắt và bị buộc tội làm gián điệp.[93] Thủ tướng Harold Macmillan coi đó là "đòn mới" [94] và đi đến thỏa thuận với lãnh đạo Công đảng và phe đối lập Hugh Gaitskell rằng ủy ban Romer nên kết thúc điều tra và chuyển khuyến nghị sang cuộc điều tra mới do Chánh án Radcliffe chủ trì, nhằm xem xét các thủ tục và thực hành bảo mật trong bối cảnh rộng hơn.[95][96]

Ủy ban Romer mang tư cách cơ quan hành chính hơn là một thực thể pháp lý, nghĩa là không nhân chứng nào có đại diện pháp lý bên cạnh. Hơn 20 nhân chứng đã kể lại bằng chứng, bao gồm các thành viên cấp cao của MI5, Bộ Hải quân, Tình báo Hải quân và GCHQ. Hollis chỉ trích các thiết lập bảo mật tại AUWE, nơi thường cho phép nhân viên cao cấp cao mang thông tin mật ra khỏi đơn vị về xử lý qua đêm.[97] Elwell trình bày báo cáo sơ bộ trước ủy ban, trong đó mô tả Lonsdale là "một người có sức hút đáng kể... hài hước và châm biếm hơn là tế nhị, đa phần chủ đề nào cũng có thể nói chuyện trôi chảy và sắc bén". Vợ chồng Kroger thì bị lên án nhiều hơn, Peter được mô tả là "kẻ phiền toái ngạo đời... cuộc sống chạy theo chủ nghĩa lý tưởng ôi thiu" còn Helen là "thậm chí kém duyên hơn ... bề ngoài và cư xử của cô ta trông hệt như một kẻ cuồng tín quyết liệt".[98]

Cuộc điều tra của Romer được báo cáo vào tháng 6 năm 1961. Macmillan đọc các kết luận trước quốc hội. Sau khi trình bày bốn điểm liên quan đến công việc của Houghton và Gee tại Portland, phần tiếp theo như sau:

5. Năm 1956, Houghton hai lần bị các nhà chức trách tại Cục Phát hiện Dưới nước đặt chú ý là có thể xảy ra rủi ro an ninh. Các cuộc điều tra không được thực hiện đầy đủ và báo cáo vừa không hoàn thiện lẫn gây hiểu lầm được đệ trình lên Bộ Hải quân. Sĩ quan An ninh tại Cục phải bị nghiêm trị vì đã xử lý theo cách tùy tiện. Tuy nhiên, đáng ra người đứng đầu Cục phải tự có trách nhiệm đảm bảo đã tiến hành điều tra xác đáng và báo cáo đầy đủ cho Bộ Hải quân.

6. Do đó, trách nhiệm chính thuộc về các quan chức Cục Phát hiện Dưới nước vào năm 1956 đã không thực hiện một cuộc điều tra xác đáng về Houghton khi ấy. Bằng chứng cho thấy Cục có mong muốn chung về "nhận thức an ninh" và trách nhiệm này phải thuộc về Cục trưởng. Nhưng dù chỉ nhận được báo cáo không đầy đủ và sai lệch từ Portland, Bộ Hải quân và Cơ quan An ninh cũng phải chịu chỉ trích vì không thúc đẩy vấn đề này đến được cái kết tích cực.[99]

Nghị sĩ Đảng Bảo thủ Donald Johnson nhận xét rằng Romer "đã không ngần ngại đưa ra xét đoán và không cho phép mình trở thành một trong những lữ đoàn đi 'minh oan'".[100]